Vatikanski protokol vključuje tudi nekatere nenavadne običaje, med katerimi je verjetno najbolj nenavaden starodavni način preverjanja, ali je papež res mrtev. Do sredine 20. stoletja je namreč komornik oziroma kardinal, ki vodi vsakodnevne vatikanske zadeve do izvolitve novega papeža, tradicionalno potrdil papeževo smrt. To je storil tako, da je papeža z majhnim srebrnim kladivom trikrat udaril po čelu in ga poklical po rojstnem imenu. Če ta ni odgovoril, je bila to potrditev smrti.

Zadnji, ki je izvedel to tradicijo, je bil kardinal Tisserant leta 1958, ko je ogovoril papeža Pija XII. z vprašanjem: “Eugenio, ali si mrtev?”, nato pa uradno izjavil: “Izjavljam, da je njegova svetost papež resnično mrtev.” Komornik nato obvesti rimskega vikarja, ki novico posreduje meščanom. Hkrati je obveščen dekan kardinalskega zbora, ki novico sporoči veleposlanikom v Vatikanu in voditeljem tujih držav. 

Komornik zaklene in zapečati papeževo stanovanje. Nekoč so to počeli zaradi pogostih ropov, danes pa jo cerkveni voditelji uporabljajo za zaščito zasebnih dokumentov. Papeški prstan, ki je tudi pečat, uničijo takoj po smrti svetega očeta, da bi preprečili njegovo ponarejanje. Takoj po papeževi smrti komornik vzame njegov prstan in ga s kladivom popolnoma uniči pred vsemi kardinali v Vatikanu. Ostanke prstana vzamejo in pustijo v muzeju v Vatikanu. Papežev prstan ima upodobitev ribiča sv. Petra, za vsakega papeža pa izdelajo novega. Vsi papeški prstani so bili uničeni po njegovi smrti, medtem ko je bil prstan Benedikta XVI. uničen leta 2013, potem ko je odstopil s položaja.

Desno krilo bronastih vrat – uradnega vhoda v Vatikan – se zapre. Zvonovi svetega Petra dajejo znak, da je papež umrl. Po uradni identifikaciji papeževega trupla ga zdravniki oblečejo v papeška oblačila. Med njimi je značilen bel ovratnik s črnimi križi (simbol dostojanstva), na glavo pa mu položijo belo mitro. 

Po pripravi je bilo papeževo mrtvo telo tri dni razstavljeno v baziliki svetega Petra, da so se mu verniki lahko poklonili. Brez dovoljenja komornika ne sme nihče fotografirati pokojnega papeža. Komornik lahko dovoli fotografiranje trupla za namene dokumentacije, vendar šele potem, ko je to oblečeno v papeška oblačila. 

Najdlje so volitve novega papeža po smrti prejšnjega trajale skoraj tri leta. To se je zgodilo po smrti Klementa IV. Leta 1268. Med samimi volitvami so umrli trije kardinali, eden pa je odstopil. Razlog, da so volitve trajale tako dolgo, je bil v tem, da so bile v kardinalskem zboru sprte strani, kar je povzročilo pat položaj. Kardinali so se odločili šele leta 1271. Izvoljen je bil Tedaldo Visconti, ki je prevzel ime Gregor X.

Da se takšna situacija z odloženimi volitvami nikoli več ne bi ponovila, je bila uvedena uredba o konklavah. Beseda konklave izhaja iz latinske besede za zaklenjen. Kardinale so namreč v prihodnje zapirali v zaprt prostor, dokler niso sprejeli odločitve o izvolitvi novega papeža. Kasneje so kardinalom v konklavu celo omejili dnevni vnos hrane. Menda so jedli le kruh in vodo. Še danes so kardinali zaprti na osamljenem mestu in izolirani od zunanjega sveta. Odvzamejo jim telefone, mobilne telefone, televizorje in elektronsko opremo, ne smejo prejemati pisem in časopisov, njihove sobe pa predhodno preiščejo specialci, da preverijo, ali ni prisluškovalnih naprav. V konklavah sodelujejo vsi kardinali, mlajši od 80 let, in ko pridejo v izolacijo, ne morejo več iz nje, dokler ni izvoljen nov papež.